Bağışıklık sisteminin bir şaşkınlığı sonucu oluşan ve merkezi sinir sistemini etkileyen MS hastalığında; beyin, beyincik ve omurilikte seyreden sinir lifleri ve onların etrafındaki kılıflar etkilenmektedir. Vücut kendinden olan dokuyu yabancı gibi algılayıp, ona karşı bir reaksiyon oluşturmakta ve söz konusu dokuda hasar ortaya çıkarmaktadır. Bu dokular sinir lifleri ve kılıfları oluşturduğu için kola, göze, bacağa giden iletilerde aksama meydana gelmektedir. Bu aksama sonucunda ise görme kaybı veya bulanıklık; kol, el ve bazen hem kol hem de bacakta güçsüzlük; yürüyüşte bozulmalar ve dengesizlik ile konuşmada ağırlaşma ve peltekleşme ortaya çıkabilmektedir. Bağışıklık sistemindeki şaşkınlık sonucu vücut kendi dokusuna bir zarar verdiği için MS’e ait belirtiler genellikle geçicidir. Çünkü vücut bir süre sonra bu yanlışlığı fark ederek, kendini düzeltilmeye çalışmakta ve sonuçta iyileşme sürecine girilmektedir.